La historia comienza con Hinamori Amu, una chica de 11 años de edad recientemente transferida a la Academia Seiyo Elementary. Debido a especulaciones de su vida personal y malentendidos con su actitud soberbia de “lobo solitario”, todos la consideran cool & spicy (genial y sexy), pero en realidad ella es diferente de cómo todos la pintan: simplemente quiere reír en un grupo de amigos y ser una buena chica, pero su timidez interna se lo impide.
Una noche, luego de que la vidente de la televisión Saeki Nobuko le enviara señales de un modo un poco alarmante, Amu le reza a su Espíritu Guardián, de quien Nobuko había hablado, para pedirle fuerza y confianza en sí misma, pues quería convertirse en la chica que ella deseaba ser. Todo esto provoca que tres huevos de colores rosa, azul y verde aparezcan en su cama al día siguiente, alarmando a Amu, aunque decide cuidarlos para ver qué ocurrirá. Tiempo después nacen de ellos Ran, Miki y Suu, unas pequeñas haditas que dicen ser sus Shugo Charas o representaciones del supuesto yo.
A partir de ese momento, Amu conocerá a los Guardianes de la Academia, chicos de su edad que también tienen Shugo Charas, y a la poderosa Empresa Easter, quienes utilizan a jóvenes talentos para cumplir con sus metas. Estos dos grupos enfrentados están detrás de una sola cosa: El Embryo, conocido por ser el huevo que puede cumplir cualquier deseo.
Amu entonces deberá aprender a pelear contra los Huevos X y las Personalidades X, aquellos Shugo Charas que se volvieron sombríos cuando sus dueños perdieron la fe en lograr sus sueños; controlar, comprender y poner en orden a sus adolescentemente alocados sentimientos; y darse cuenta de quién es realmente su amigo o enemigo, ya que las apariencias engañan.
